无菌采集患者及病鸟、畜的生物材料，包括血液、病变脏器、流产胎儿及各种分泌物制片。将所采病料（肝、肺、脾）表面火焰消毒后，从其内部无菌取样，涂片，用Giemsa染色，可见EB呈现红色，RB呈蓝紫色。用Stamp氏法染色，结果是在淡绿色背景的衬托下，衣原体呈现鲜红色。碘染色（Rice）法时，低倍镜下，沙眼衣原体的包涵体由于含有糖原而呈现棕褐色，鹦鹉热衣原体的包涵体由于不含有糖原不被着色。在荧光显微镜下检查，可见亮绿色边界清晰的圆形颗粒，柱状细胞内可见亮绿色包涵体。电镜下，可以见到圆形或卵圆形颗粒，中央核心电子密度大，是EB；个体较大，中央核心电子密度低的为RB。
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