原始干细胞可分化为两大分支：一支是集落形成单位细胞（CFU-C），又称骨髓干细胞，它是红细胞、中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和血小板等系的多能干细胞。集落形成单位细胞主要来源于骨髓，在发育为红细胞、粒细胞与巨核细胞之前，要经过各系的定向干细胞阶段。
另一支为淋巴样干细胞，又称淋巴干细胞，是高等动物免疫系统的发源地医学教育网搜'集整理。其分化和发育过程与抗原的刺激作用密切相关，淋巴干细胞亦是多能干细胞，可分化为两种不同的定向干细胞。一为胸腺衍生的T淋巴细胞或称T细胞，一为骨髓依赖的B淋巴细胞或称B细胞，这两种细胞经过相应抗原的再刺激分别转化为原淋细胞和原浆细咆，然后逐步发育成熟，分别称为淋巴细胞和浆细胞。
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