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S1核酸酶的单链水解功能可以作用于双链核酸分子的单链区，并从单链部位切断核酸分子，而且这种单链区可以小到只有一个碱基对的程度。由于具备这种功能，使S1核酸酶在分析核酸杂交分子(RNA-DNA)的结构、给RNA分子定位、测定真核基因中间隔子序列的位置、去除DNA片段中突出的单链尾，以及打开在双链cDNA合成期间形成的发夹环起作用。
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