尽管许多组织中都存在干细胞，但其数量很少，而且在显微镜下时，无法将它们与这些组织中的其他细胞清楚区分。因此，如何找到一种简单有效的方法，科学、准确地区分这类稀少的细胞，一直是科学家们不断探索的课题。
过去人们普遍采用的干细胞鉴别方法主要有以下两种：①利用干细胞的慢周期性，采用标记滞留细胞的分析方法来识别在体的静息干细胞。②利用干细胞的自我更新能力，观察其在体外培养时表现出的无限的增殖能力来识别离体的干细胞。但这两种方法应用时具有一定的限制性 。
研究人员普遍采用的方法是依靠干细胞的表面标志来区分和鉴定各种干细胞。干细胞的表面标志是指覆盖在细胞表面的特殊的蛋白质——受体，它能选择性地结合或黏附其他信号分子。已发现了干细胞表面的许多不同类型的受体，利用单克隆抗体的特异性和多样性，应用不同抗体的合理组合可以区分干细胞和其他细胞，根据干细胞表面标志还可以分离不同类型的干细胞及其亚群。抗体介导的细胞分离技术主要有：抗体/补体介导细胞学溶解法、流式细胞仪细胞分选法、平面黏附分离法和免疫磁珠分离法等 。
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