商品型外肽酶绝大多数是氨肽酶，主要用于食品蛋白质水解产物的生产过程中，目的在于提高适口性、功能性和营养特性。奶酪生产中通常使用外肽酶降解酪蛋白，并减弱苦味。一般的商业酶最适pH值都在中性范围。在说明书上酶活都是依据亮氨酸氨肽酶标示，因此，很难比较商用外肽酶的活性。有些酶制剂是外肽酶型，如Protease R、Protease M、Flavourzyme和CorolaseLAP等。如帝国生物技术公司(Imperial Biotechnology)提供2 种用于脱苦的外肽酶混合制剂，Accelase和Debirase。Accelase是Lactococcus lactis的氨肽酶，后者是Lactococcus lactis和A. oryzae的氨肽酶提取物。有些是内肽酶和外肽酶的混合制剂 。
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