外肽酶的分类
酶学委员会 (E. C.)列出了72种不同的外肽酶(http://www.expasy.ch/enzymes)。外肽酶只是在靠近多链的一侧末端起作用，在游离N端起作用的酶释放出单个的氨基酸残基、二肽或三肽（即分别为氨肽酶、二肽基肽酶和三肽基肽酶）；在游离C末端起作用的酶释放出单个的氨基酸残基（羧肽酶）或二肽(二肽基羧肽酶 )。其他外肽酶特异性水解二肽（二肽）或除去被异构肽键替换的、环化的，或交联的末端残基（即不是α羧基与α氨基的肽键）。
外肽酶的命名和性质特点E.C已经建立了从乳酸菌氨肽酶发展起来的微生物氨肽酶系统命名法。对于认识尚未达到基因水平的按照其生化名字或缩写，其后按发现的顺序编号，如LepⅠ、Ⅱ和Ⅲ。如果认识已达到基因水平，就用Pep命名，其后跟上表示特征的词的首字母，如Pep N。它是一种金属氨肽酶，较适于作用N-末端含有脂肪族或带负电荷的残基 (Lys，Arg，Leu) ，但是不能作用于含有Pro的肽。谷氨酰胺肽酶和Pep A较适于作用N-末端为Glu和Asp的肽。二肽酶，如Pep D 和Pep V，均表现出对N-末端大的疏水性氨基酸残基的特异性。
亮氨酸氨肽酶对含有疏水性氨基酸末端残基的底物具有广泛特异性。然而，它对N-末端含有精氨酸、赖氨酸或脯氨酸的肽作用很弱。大多数氨肽酶的最适pH在中性范围，最适温度范围37~50℃。植物和动物来源的氨肽酶平均分子量大于100 kDa。氨肽酶的活性会受到Bestain的抑制，抑制的程度随着蛋白质浓度和处理时间的增加而加强。
绝大多数羧肽酶是金属羧肽酶，一般都是单个多肽链。相对于氨肽酶来说，羧肽酶具有较广的最适pH范围(4~8.5)和最适温度(25~80℃)。与氨肽酶命名相比，羧肽酶的命名还没有统一的说法，可以根据来源和发现的顺序进行命名，如羧肽酶Y(酵母)、羧肽酶W(小麦)等。也有根据酶对底物作用的特性来命名，如Gly-Xaa羧肽酶、丝氨酸型D-Ala-D-Ala羧肽酶等。由于二者都属于蛋白酶，多数氨肽酶和羧肽酶的活性都会受到EDTA或1，10-邻菲啰啉的抑制，而合成的赖氨酰丙氨酸比EDTA对含锌的羧肽酶A抑制作用更强 。
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