真菌毒素对人和动物都有极大危害。防止真菌毒素病害，首先要防止食物和饲料霉变。
粮食饲料在收获时未被充分干燥或贮运过程中温度或湿度过高，就会使带染在粮食饲料上的真菌迅速生长。几乎所有在粮食仓库中生长的真菌（仓贮真菌）都侵染种胚造成谷物萌发率下降，同时产生毒素。谷物的含水量是真菌生长和产毒的重要因素。一般把粮食贮存在相对湿度低于70%的条件下，谷物的含水量在15%以下就可控制霉菌的生长。
大部分真菌在20-28℃都能生长，在10℃以下或30℃以上，真菌生长显著减弱，在0℃几乎不能生长。一般控制温度可以减少真菌毒素的产生。但是有些镰刀菌能在7℃时在过冬的谷物上产毒。黄曲霉最低生长温度为6-8℃，最高生长温度达44-46℃，在32℃时黄曲霉毒素B1的产量最高。有趣的是微生物学家已经找到一种能产生黄曲霉毒素抑制剂的微生物，该抑制剂的应用大大减少了黄曲霉毒素的污染。
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