一般可以依据所结合的辅基种类对结合蛋白质进行分类，这种方法具有简便实用的特点。在自然界中，结合蛋白质的分布要远比单纯蛋白质广泛。
1、脂蛋白
脂蛋白是由单纯蛋白质与酯类结合而构成，通常不溶于乙醚、苯和氯仿等溶剂。主要存在于细胞膜中。
2、磷蛋白
磷蛋白是由单纯蛋白质与磷酸结合而构成，不溶于水，溶于碱中，加热不凝固。主要存在于牛乳(酪蛋白)、蛋类(卵黄磷蛋白)中。
3、核蛋白
核蛋白是由单纯蛋白质与核酸成分结合而构成，反应呈弱酸性。主要存在于细胞核和细胞质中。
4、糖蛋白
糖蛋白是由单纯蛋白质与糖组分结合而构成，其中，糖组分主要为葡萄糖胺、氨基半乳糖胺、半乳糖和甘露糖等。习惯上，细致地划分，一般只是将氨基己糖含量<4%的糖蛋白称为糖蛋白，而将氨基己糖含量>4%时的糖蛋白称为粘蛋白。
糖蛋白—般主要存在于皮肤、软骨、骨、结缔组织，血液、尿液、胃液和唾液中。
5、色蛋白
色蛋白是由单纯蛋白质与色素成分结合而构成。常见的色蛋白有血红蛋白和肌红蛋白 (辅基为血红素，含铁)，主要存在于血液和肌肉中。
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