适配体靶标范围广，靶标的大小与可溶性均不同，因此应用 SELEX 技术筛选核酸适配体可以采用不同的具体操作方法。离心沉淀法常用于针对细胞、细菌与病毒的适配体筛选，固相吸附与洗脱技术可以用于可溶性小分子的适配体筛选。适配体筛选的具体方法包括以下几个方面。
基于不同固定介质的筛选方法。硝酸纤维素膜过滤法是一种常用于蛋白质适配体筛选的方法。Joshi 等基于硝酸纤维素膜设计了一种横向流动色谱装置，结合应用该装置与 SELEX 筛选技术，作者经过7轮正筛和3轮反筛获得了针对鼠伤寒沙门氏菌外膜蛋白(Omp)的高亲和力适配体33和45序列，检出限为10-40 cfu/mL。凝胶柱亦是适配体筛选常见的固定介质。Tang等基于琼脂糖凝胶树脂应用SELEX 技术筛选获得对红豆毒素具有高特异性与高亲和力的适配体，其解离常数低至几nmoL范围。近些年来，以微孔板为固定介质筛选适配体应用广泛。王立峰等基于微孔板技术筛选获得能与癌胚抗原(CEA)特异性结合的高亲和力适配体序列，研究表明该适配体在肿瘤早期诊断、监测与治疗方面具有重要作用。
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