第Ⅱ类内含子,其5’剪接点和3’剪接点的序列多为…外显子…↓GUGCG…内含子…嘧啶碱AU↓…外显子…,除了剪接点序列特征之外,在离3’剪接点上游6-12bp有一段比较保守的序列,一致序列为CUCAC,在这一保守序列A的两侧各有一段3~5核苷酸的短序列能与上游方向的核苷酸互补,而A总是不包含在这些互补的序列之中,也就是说,在形成部分双链结构中,A总是处于向外突出的“芽状物”之中,而且该A启动第一次转酯反应。此外,内含子含有6个双链结构区,内含子5’端形成的双链结构区I含有两个外显子结合位点,可以与5’剪接点上游的外显子3’末端区的序列配对而形成双链结构。