由于低聚异麦芽糖系双歧杆菌增殖因子,具有增强免疫力、降低血脂和胆固醇,保护肝等功能,故已应用于制药行业。这方面日本发展较快,日本、荷兰、比利时、美国等低聚异麦芽糖等新型低聚糖药物系列均形成规模。
利用各地中药材资源与低聚异麦芽糖生产具有特有功能性保健食品。例如：与山楂、山药、黑芝麻等经科学配方开发润肠通便保健食品,与新疆雪莲、青海冬虫夏草或各地开发食用菌生产保健食品,不仅改善口感,且在功能上起相辅相承作用。例如,以柠檬酸、低聚异麦芽糖和三氯化铁合成柠檬酸低聚异麦芽糖铁(III)配合物,是以铁核13-Fe(OH)3为核心,柠檬酸、葡聚糖在其表面配合而成表面配合物,其在水中溶解度约为26．8g,在pI-I 2～14范围内不易产生沉淀,铁质量分数高达39．39%,有望成为人体利用度较高补铁剂。又如,以红心萝卜、食醋、果葡糖浆、低聚异麦芽糖为主要原料具有多种保健功能红心萝卜醋饮品,既健脾化滞、健肠护体,又具健美功能,适合糖尿病、消化不良、便秘患者饮用,也是运动员、高温作业人群补充能量、保持体力、消除疲劳多功能保健饮品。
此外,低聚异麦芽糖和增产菌(多种蜡样芽抱杆菌)制成合剂应用于植保领域,可使农作物增产。低聚异麦芽糖高纯度(98%以上)产品应用到一些特殊治疗场合,如危重病人流体食品,治疗痔疮、皮肤感染,抗病毒及抗真菌等均有很好临床疗效。利用低聚异麦芽糖和活菌制剂可制成合生剂(Swtiotics),利用低聚异麦芽糖保湿性强之特性应用到化妆品等均有广阔开发潜力。
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