脱氧核酶不仅具有RNA切割作用，而且也能切割DNA 分子。已筛选出了两类具有DNA自我切割作用的脱氧核酶，Ⅰ类自我切割脱氧核酶需要Cu2+和维生素C参与，而Ⅱ类脱氧核酶只需要Cu2+。Ⅱ类脱氧核酶以顺式方式切割DNA靶分子，与不加酶的反应相比，它提高催化效率106倍。多数脱氧核酶只能与底物形成二联体形式，而Ⅱ类脱氧核酶能与底物形成二联体或三联体形式，结合并切割DNA底物，通过改变二联体或三联体的识别位点，就可以切割不同核苷酸序列的单链DNA分子。因此脱氧核酶还可以作为简单的限制性内切酶，位点特异性地切割单链 DNA分子。
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