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染料法以SYBR Green荧光强度的大小为指标来检测DNA的扩增,不需探针法中设计合成荧光标记探针,因此染料法实验周期及成本都得以降低。染料法可能会检测出引物二聚体等非特异扩增产物,需要通过进行融解曲线分析来确认反应产物是否特异性扩增,同时在引物设计及反应条件方面都需注意优化。探针法相对较易保证反应特性,但在检测灵敏度方面同染料法并无高低之分。金开瑞默认使用染料法。