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两类终止子的不同点是:不依赖ρ因子的终止子的回文序列中富含GC碱基对,在回文序列的下游方向又常有6～8个AT碱基对(在模板链上为A、在mRNA上为U);而依赖ρ因子终止子中回文序列的GC对含量较少。在回文序列下游方向的序列没有固定特征,其AT对含量比前一种终止子低。
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