位点特异性重组本质上是两个重组位点的四股DNA发生两次切割和两次连接的过程，所需的关键成分是重组酶（ recombinase），此外还需要一些蛋白因子。这里以入噬菌体DNA与大肠杆菌DNA整合而进入溶原状态为例，介绍位点特异性重组机制（图2-33）。
1．第一次切割重组酶（又称入噬菌体整合酶，integrase，356AA，由入噬菌体基因组编码）四聚体与两个重组位点（入噬菌体重组位点attP和大肠杆菌重组位点au,B有15bp相同的核心序列）结合，切断两个重组位点一股DNA特定的磷酸二酯键，形成两个切口，切口3’端的磷酸基与重组酶活性中心Tyr342的羟基以磷酸酯键结合。
2．第一次连接两个切口的5 7端交换，与对方3’端连接，形成HoUiday结构。
3．第二次切割重组酶切断两个重组位点另一股DNA特定的磷酸二酯键，形成两个切口。切口3 7端的磷酸基与重组酶活性中心Tyr342的羟基以磷酸酯键结合。
4．第二次连接两个切口的5’端交换，与对方3’端连接，Holliday结构解离。
有些位点特异性重组体系的两个重组位点的四股DNA可能同时切割，同时连接，并不形成Holli-day结构。
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