位点特异性重组既可以发生在一个DNA分子中，也可以发生在两个DNA分子间。重组酶识别位点有方向性，所以重组时两个重组位点的排列有方向性。
1．插入 当位点特异性重组发生在两个闭环DNA之间或一个闭环DNA与一个线性DNA之间时，重组的结果是DNA插入（即整合），并且插入之后在两端形成同向重复序列。
2．缺失 如果DNA分子中一个片段的两端存在同向重复序列，则该DNA分子可以通过位点特异性重组使该片段缺失，并且缺失片段成环。
3．倒位如果DNA分子中一个片段的两端存在反向重复序列（1R），则陔DNA分子可以通过位点特异性重组使该片段倒位。
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