锥虫在生活过程中，产生大量有毒代谢产物，宿主产生溶解锥虫的抗体，使锥虫溶解死亡。释放出毒素。这些毒素，作用于中枢神经系统，引起机能障碍，体温升高，运动失调，继而侵害造血器官，使红细胞溶解，导致红细胞数减少出现贫血；毒素对血管壁渗透作用的损伤，导致皮下水肿。虫体对糖的大量消耗，可引起低血糖症和酸中毒现象。后期由于氧化不全的产物蓄积，使中枢神经系统遭到抑制，引起精神沉郁，以至昏迷等症状。病尸高度消瘦、血液稀薄、凝固不全。全身皮下尤其是胸前及腹下水肿和胶样浸润。肝脏、心脏、脾脏不同程度肿大，心内、外膜有明显的出血斑。心肌炎病变明显，切面呈熟肉样。第三、四胃黏膜有出血点或出血斑，小肠有出血性炎症。
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