有人认为，种植转基因作物违背了大自然的规律，会破坏生态环境，认为转基因作物将会诞生无法处理的“超级杂草”和“超级害虫”。但事实上，任何使用单一农药等手段进行抗虫抗草处理都会引发抗性的诞生，与转基因技术并没有太大关联。转基因农业作物在种植时已经针对相应担忧采取了措施，包括建立生物庇护所，多性状基因策略，加强虫害监测等手段来避免相关问题的出现。
另外所谓的“超级杂草”名不副实，只需要转换其他类型的除草剂（如2，4-D等）就可以轻易杀死。而“超级害虫”的推论至今都没有科学证据可以证实。最后，所有经过批准的转基因农业作物上市前均要通过严格的安全监测，这其中就包括了生态环境安全相关检测。
环保部南京环境科学研究所研究员刘标表示，转基因耐除草剂作物本身不会成为无法控制的杂草，种植转基因耐除草剂作物也不会使别的植物变成无法控制的杂草。其实，“超级杂草”只是一个形象化的比喻，目前并没有证据证明“超级杂草”的存在。
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