生物危害的来源主要有以下4个方面。
致病微生物
首先，来自人和动物、植物的各种致病微生物的危害称为紧急卫生事件。有史以来，在世界范围内，有害微生物一方面长期危害人类的健康和生命，另一方面危害农业和畜牧业的发展，给人类文明带来的灾难是十分沉重的。公元5世纪下半叶，鼠疫病菌从非洲侵入中东，进而到达欧洲，造成大约1亿人死亡；1845年马铃薯晚疫病 （potatolateblight）侵入欧洲，造成历史上著名的大饥荒，夺去了数十万人的生命；1933年猪瘟在中国传播流行造成920万头猪死亡；1997年，中国香港发生禽流感事件，不得不宰杀140万只鸡，仅政府赔偿损失即达14亿港元；2003年在我国暴发的传染性非典型性肺炎 （严重急性呼吸综合征，SARS）和2004年开始在全球范围内流行的禽流感，给人民生命健康、社会经济带来了严重的损害和影响，同时也促进了人们对烈性传染性疾病病原体危害的认识，引起了各国政府的高度重视和广大科技工作者的极度关注。
根据导致危害的微生物的类别，可以将生物危害分为细菌危害、病毒危害、真菌危害和寄生虫危害 。
外来生物
其次，来自外来生物的入侵。虽然在历史上有不少引进的外来生物使当地人们得益的先例，但是，也有许多由于引进本地区外的外来生物导致的农作物和牲畜死亡以及生物多样性的下降甚至丧失，从而严重危害环境生物安全的情况，这种现象称之为生物入侵，也有人称之为 “生物污染”。由于国际贸易、科技交流、教育交流的增加，人员交往频繁，有很大可能把本来我国没有的传染病传入国内。
转基因生物
第三，来自转基因生物可能的潜在危害。随着现代科学技术的发展，世界上出现了越来越多的转基因生物。转基因生物是通过现代生物重组DNA技术导入外源基因的生物，因此从某种意义上说转基因生物也是外来生物。正如核技术一样，转基因技术既可以造福人类又可以危害人类，转基因生物存在着一定风险。一些科学家认为，转基因生物有可能对人类健康、农业生物和环境生物构成极大的影响。在此，生物安全是指对由现代生物技术的开发和应用可能产生的负面影响所采取的有效预防和控制措施，目的是保护生物多样性、生态环境和人体健康。
生物恐怖事件
第四，来自生物恐怖事件。树欲静而风不止，第二次世界大战后半个多世纪以来，不管人类和平事业如何发展，世界局部战争或冲突每天都在发生。近年来，恐怖活动愈加猖狂，已经成为世界公害，甚至成为大规模战争的导火索。利用致病微生物搞恐怖活动，造成公众混乱，从而达到自己的政治目的，是当前恐怖主义者的一个重要手段。由于生物恐怖活动具有攻击对象的广泛性、手段的多样性、事件的突发性、后果的延续性、防御的艰难性等特点，给人们带来的恐惧更大、时间更长，其破坏作用也就更大。生物恐怖活动是指利用生物学手段或传染因子（如细菌、病毒、真菌等）造成人们的伤害和极度恐惧。它包括投放或针刺传染性和有毒的生物物质等，如美国遭受炭疽袭击事件就是一个典型例子。生物恐怖与一般恐怖有所不同，有较长时间极度恐惧的意思，并且包含有想像中的恐惧。生物恐怖还往往与化学恐怖结合在一起，这就使得预防工作增加了不少难度。
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