引起克罗恩病的原因目前仍然不是特别清楚，经初步研究发现可能与以下两个因素有关。
1、遗传因素：大量资料表明克罗恩病与遗传因素有关。研究发现单卵发育的孪生子之间患克罗恩病的一致性比率明显升高，同时发现克罗恩病患者与配偶之间表现为不一致性，且与普通人群无差别。有人认为克罗恩病遗传基因决定机体的免疫反应，炎症性肠病患者的遗传因素决定其对一些肠腔内的抗原物质具有过强的免疫应答反应。
2、感染因素：早年因克罗恩病的病理表现与非钙化的结核病变相似，曾怀疑本病由结核杆菌引起。但用各种方法均未能分离出此病菌。研究发现这些分枝杆菌接种于小鼠腹腔中可在其肝脾中发生肉芽肿并出现抗酸杆菌。
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