本病在机体不同器官可发生相应的病理改变，小肠过敏性紫癜的主要病理改变为肠壁小血管的炎症，血管周围有中性粒细胞，淋巴细胞和浆细胞，血管壁有纤维素样坏死及血小板填塞和间质水肿，肠管的黏膜层水肿伴血性渗出物或出血，或因不规则肠蠕动而发生肠套叠，如皮肤病变主要在真皮层血管，血管周围有IgG及C3沉着而呈现紫癜和荨麻疹，肾脏累及时多为肾小球局灶性病变，轻重不一，荧光显微镜可见肾小球血管基底膜上有大量纤维蛋白，补体和抗体(主要是IgA)沉着，病情严重时在肾小球毛细血管可出现灶性坏死，近端肾小管上皮细胞肿胀和空泡形成等，本病亦偶可累及心脏，肺及脑血管，引起相应器官的损害。
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