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常用于重组膜蛋白的表达系统有真核表达系统、原核表达系统和近些年来发展的无细胞表达系统。其中以大肠杆菌（E.coli）为代表的原核表达系统因为操作简单、成本相对低廉、遗传背景清楚、方便同位素标记，以及有大量可利用的表达载体和宿主菌株等原因，是当下获取重组膜蛋白的最主要途径。
对于一些膜蛋白而言，采用增加蛋白可溶性或者促使蛋白形成包涵体的标签进行融合表达，是很好的增加蛋白产量的办法，但是暂时还没有普遍有效的融合标签可用于所有膜蛋白的超量表达。
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