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pH梯度萃取法的原理是由于溶剂系统pH变化改变了存在状态（游离型或解离型），从而改变了在溶剂系统中的分配系数。正是因为pH的差异而实现了各生物碱的分离，氯仿为亲脂性有机溶剂，总生物碱皆可溶解于氯仿，这里利用溶解度不能达到分离的效果。
样品水溶液用pH3的有机溶剂提取，此时酸性物质多呈非解离状态，因而溶于有机相中，碱性物质或中性物质呈解离状态，存在于水相中，而达到分离的目的。
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