HIB多寄居在鼻咽部黏膜，通过空气飞沫和密切接触在人与人之间传播，新生儿可通过母亲的产道感染。流感嗜血杆菌只引起人类感染，对动物无致病性。同样，寄居于禽类、猪、犬的嗜血杆菌也不感染人类。
有研究表明，人群对流感嗜血杆菌普遍易感。新生儿由母体抗体被动免疫，3个月～3岁儿童的抗体水平最低，对该菌最易感，HIB在学龄前儿童带菌率为5.4%～6.9%。成人可为无症状带菌者，其发病多有免疫缺陷。
HIB带菌率与季节有关，感染多散发，一年四季皆可发病，但多从秋季开始增加，冬季达高峰。HIB通过飞沫进入人的呼吸道，侵入血液繁殖，可扩散至人体多个器官，引起组织、器官的侵袭性感染。流感嗜血杆菌是幼儿脑膜炎，菌血症，脓毒性关节炎，肺炎，气管支气管炎,中耳炎,结膜炎,鼻窦炎和急性会厌炎的主要病原菌，这些感染和心内膜炎也可发生于成人但比较少见。
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