慢性期选用的抗菌药物与急性肾盂肾炎相似，但治疗较急性期困难，一旦处理不当，不仅疗效不佳，且易引起肾功能受损而影响愈后。慢性肾盂肾炎的抗菌治疗择优方案为：
①常需2类药物联合应用，必要时中西医结合治疗。
②疗程宜适当延长，通常治疗2～4周。若无效或复查中再发，可选用敏感药物分2～4组，轮换应用，每组药用1个疗程，疗程毕停药3～5天，共2～4个月。如上述长程抗菌治疗仍无效或常再发者，可采取低剂量长期抑菌治疗。临床常用磺胺甲f唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲基异恶唑)、呋喃妥因、头孢氨苄(头孢立新)、阿莫西林(羟氨苄西林)、诺氟沙星(氟哌酸)等任一种药1次剂量，于每晚排尿后入眠前服用，可长达6～12个月，多可防止再发，对重新感染引起再发的慢性肾盂肾炎更为有效。
③抗菌治疗的同时，特别在疗效不佳或频频再发时，必须寻找并去除易感因素。
④急性发作期的用药同急性肾盂肾炎。
复发者多在前次发病用抗菌药物治疗停止后6周内再发，其实质是上次治疗失败，故应另换敏感药物或改变治疗途径、方法和疗程等。重新感染则多在前次治疗停药6周后再发，常与机体免疫功能低下有关，在调整药物治疗同时，需增强免疫功能。
隐匿型慢性肾盂肾炎虽无临术症状，但细菌尿却持续存在，肾内炎症及肾功能损害也可能发生，尤其对孕妇、幼儿、尿路畸形和糖尿病患者，更应做抗菌治疗，以保持尿无菌状态。一般可选用前述药物1种治疗10～14天，无效或再发可调整用药再治，若仍无效或再发则可用长期低剂量抑菌治疗。
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