药物合成中带入的杂质和药物的降解产物通常与药物有相似的结构，而且一般含量很低。
CE作为药物的杂质痕量组分分析方法，具有多组分、低含量和同时分离分析能力，故可以用毛细管电泳作为药物杂质的检测手段。
CE也可以用于药物生产过程全方位控制与检测，以保证药物质量，提高工艺水平。己有文献报道用NACE法测定己烯雌酚片及其降解物；CE法定量分析盐酸罗匹尼罗及其潜在杂质；
CZE法分析伊班磷酸盐及其相关杂质；CZE和CITP法检测高舍瑞林中缩氨酸和反离子物质的含量；
CZE法定量检测半胱胺钠磷酸盐中的杂质。
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