必须防止人粪污染食品和水，而高发病率的无症状带虫者使这一问题复杂化。能足够杀灭细菌的氯浓度对阿米巴包囊无作用，但将水煮沸或用四环素氢化过碘酸片处理水（每升1-2片）可杀灭包囊。
一般治疗包括减轻症状，补充血液和纠正水和电解质的丧失。如果考虑到阑尾炎症状系阿米巴所致，则手术最好推迟48-72小时以观察化疗的疗效。
无症状的包囊排出者应得到治疗以防止他们传播感染。通常口服1个疗程的糠酸二氯尼特（diloxanide
furoate）：成人500mg日服3次，连服10日；儿童20mg/（kg*d）分3次服。也可用双碘喹啉替代，成人剂量650mg日服3次，连服20日；儿童剂量30-40mg/（kg*d）分3次服，连服20日，每日最大剂量不超过2g，以免引起视神经炎。甲硝唑，除非应用大剂量，对无症状包囊排出者的失败率高。
治疗有轻度胃肠道症状的病人，推荐用口服甲硝唑5-10日疗法（成人750mg日服3次；儿童每日35-50mg/kg，分3次服）。孕妇不应服用甲硝唑。对有中度胃肠道症状的病人，在完成1个疗程的甲硝唑治疗后，应接着加用第二种药物，例如按上述剂量给糠酸二氯尼特或双碘喹啉，或用巴龙霉素（每日25-30mg/kg分3次服，连服7日）以防复发。如果症状严重，口服药物后应接着用依米丁1mg/（kg*d）（最大不超过60mg）或去氢依米丁1-1.5mg/（kg*d）（最大不超过90mg）肌内注射，直至症状得到控制（至多不超过5日）。依米丁和去氢依米丁都是有毒性的，受药病人应卧床休息并用心电图监护。一旦出现心动过速，低血压，肌肉无力，严重胃肠道反应或皮肤病等药物毒性征象，应立即停药。禁忌证包括妊娠和肾脏或心脏疾病。
治疗肠外阿米巴病，甲硝唑为首选药物，剂量同上。替代药物为依米丁或去氢依米丁，剂量与上述治疗重症阿米巴痢疾所用的剂量相同。用依米丁或去氢依米丁治疗肝阿米巴病时应合用氯喹（成人，开始2日1g/d，然后500mg/d连服3周；儿童，每日10mg/kg，最大剂量不超过氯喹基质300mg/d）。若在粪便中出现溶组织内阿米巴，还需加用双碘喹啉，剂量同上。
如果可行，应在治疗后第1，3，6月复查粪便，以便观察是否有复发。
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