1.将外套管安装于内镜镜身，检查各气囊膨胀和导管连接情况。
2.内镜插入体内，将外套管沿内镜滑入体内并固定。
3.将内镜尽量前插，重复此动作，直至内镜前端进入十二指肠。
4.外管套前端的气囊充气膨胀，撑开小肠壁，随后内镜继续前进。
5.将内镜前端气囊充分充气，使其与小肠壁相对固定，并将外套管沿内镜前滑至相应刻度。
6.缓慢后撤，直到遇到阻力为止，此过程可在X线下完成。
7.将内镜气囊放气，逐渐插入内镜，直至镜身全部进入套管。
重复4～7的步骤，使内镜和外套管逐步进入深部小肠。在检查同时记录进镜深度、黏膜表现、皱襞、绒毛形态、肠腔特征、肠道血管分布和特点、检出病变特征、是否行黏膜标记及标记物和数量等。
SBE与DBE检查相似，其内镜前无气囊，但内镜尖端可制作成较为弯曲的角度以撑开小肠壁。
螺旋管小肠镜是在单气囊或双气囊的基础上，采取一种柔软、高度螺旋上升的外管套结构，内镜依靠螺旋式外管套在小肠内不断前进，随着外管套在小肠内不断旋转，小肠不断被拉向外套管侧。
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