在组成有机化合物的常见十几种元素中，有几种元素具有天然同位素,如C,H,N,O,S,Cl,Br等。所以，在质谱图中除了最轻同位素组成的分子离子所形成的M+峰外，还会出现一个或多个重同位素组成的分子离子峰，如(M+1)+、(M+2)+、(M+3)+等，这种离子峰叫做同位素离子峰。对应的m/z为M+1、M+2、M+3表示。人们通常把某元素的同位素占该元素的原子质量分数称为同位素丰度。同位素峰的强度与同位素的丰度是相对应的，下表列出了有机化合物中元素的同位素丰度及峰类型。由下表可见，S、Cl、Br等元素的同位素丰度高，因此，含S、C、Br等元素的同位素其M+2峰强度较大。一般根据M和M+2两个峰的强度来判断化合物中是否含有这些元素。
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