实验室检查：
1.血和尿核黄素浓度测定 血核黄含量和24h尿排泄核黄素量测定，正常人血液内含核黄素50μg，24h内尿排泄量为0.5～1.0mg，核黄素缺乏时血液水平和尿排泄量减低。但直接测血及尿中核黄素浓度或排出量不能真实反映体内核黄素缺乏情况。
2.细胞中维生素B2含量测定 细胞中维生素B2含量是评定维生素B2营养水平的良好指标，含量＜140μg/L为缺乏，＞200μg/L为良好。
3.负荷试验 口服5mg维生素B2后，4h尿液中排出维生素B2量＜350μg为不足。
4.尿肌酸酐内核黄素测定 排出的每克肌酸酐内核黄素＜30μg时，可伴随产生核黄素缺乏的临床体征。
5.维生素B2肌酐比值 维生素B2肌酐比值＜27μg/g为不足，27～79μg/g为低下，80～269μg/g为适宜，＞270μg/g为充裕。
6.红细胞谷胱甘肽还原酶(EGR) 红细胞谷胱甘肽还原酶(EGR)活性(Activation coefficient，AC)测定，AC是目前公认的专一性检测体内核黄素有无缺乏的方法。此系数代表红细胞对FAD的饱和程度。正常AC值为0.2～1.2，检测时加入FAD后AC值升高由核黄素引起的红细胞谷胱甘肽还原酶活性增强，是核黄素缺乏的早期体征，AC＞1.2表示组织中维生素B2不足。此法不适用于G-6PD患者，因为此时红细胞对FAD的需要量显著增加。
其他辅助检查：
骨髓检查可发现有红骨髓发育不全，并因此引起再生障碍性贫血的发生。
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