尽管慢载体的研究有了很大进展，但距离临床应用还有很长的路要走。首先，重组病毒的滴度还不够高，除Naldini等报道的结果外，其余均在101TU/ml～103TU/ml之间，难以达到体内应用的需要；其次，由于HIV复杂的生物学性质，要像常用的小鼠逆转录病毒载体那样建立稳定的HIV载体包装细胞十分困 难，已建立的包装细胞均不理想。据报道，Vpr是一种使细胞进入静止期的强诱导剂，也是建立包装细胞的主要障碍之一。如果确如前文所述，包装质粒中的vpr基因并非必需、去除后不影响载体的转导能力，则建立稳定的包装细胞是大有希望的。
在保证HIV-1载体的安全性上，迄今已做了种种努力，要产生有复制力的HIV，必须在不同的质粒上发生多次非同源重组事件。即使如此，一旦用于人体试验，仍然不能打消人们对感染有复制力的HIV-1的顾虑。更为谨慎的做法是，以非人类的慢病毒为基础构建载体，如猴免疫缺损病毒(SIV)、猫和牛免疫缺损病毒(FIV和BIV)、马传染性贫血病病毒等，而这些工作尚属空白。
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