多药耐药性（MDR）系指同时对多种常用抗微生物药物发生的耐药性，主要机制是外排膜泵基因突变，其次是外膜渗透性的改变和产生超广谱酶。最多见的有革兰阳性菌的多药耐药性金黄色葡萄球菌（MDR-MRSA）和耐万古霉素肠球菌（VRE）及肺炎链球菌，革兰阴性菌如肠杆菌科的肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌以及常在重症监护室（ICU）中出现的非发酵菌鲍曼不动杆菌和铜绿假单胞菌等，而嗜麦芽窄食单胞菌几乎对复方新诺明以外的全部抗菌药物耐药。细菌对抗菌药物的耐药机制可有多种，最重要机制为灭活酶如β-内酰胺酶、氨基糖苷钝化酶等的产生，其次为靶位改变如青霉素结合蛋白改变等，其他尚有胞膜通透性改变，药物不易进入；细菌泵出系统增多、增强，可排出已进入细菌内的药物；以及胞膜主动转运减少、建立新代谢途径、增加拮抗药物等，两种以上的机制常可同时启动。
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