由于抗菌药物的广泛使用，全球耐药情况非常严峻，应该说所有细菌都已经有耐药现象发现，对抗菌药物完全敏感的细菌几乎不存在了，但根据耐药的严重程度，可以称为超级耐药细菌的主要有：
(1)耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)。
(2)耐万古霉素肠球菌(VRE)。
(3)耐万古霉素葡萄球菌(VRSA)。
(4)耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌（包括NDM -1）。
(5)多重耐药铜绿假单胞菌(MDR -PA)。
(6)泛耐药不动杆菌(PDR -AB)。
(7)产ESBL肠杆菌科细菌。
(8)多重耐药结核杆菌(XTB)。 [1]
引起全球关注的耐药革兰氏阳性菌包括：耐甲氧西林葡萄球菌（Methicillin resistant Staphylococci，MRS）、耐青霉素肺炎链球菌（Penicillin resistant Streptococcus pneumoniae，PRSP）、耐万古霉素肠球菌（Vancomycin resistant Enterococcus，VRE）及耐万古霉素金黄色葡萄球菌（Vancomycin resistant S.aureus，VRSA）。
耐药革兰阴性菌包括超广谱β内酰胺酶（Extended-spectrum β-lactamases，ESBL）产生菌，以肠杆菌科中的克雷伯菌属及大肠埃希菌产生最为多见，也见于变形杆菌属、普罗菲登菌属、肠杆菌属细菌。该类酶能水解第三代头孢泊肟、头孢他啶、头孢曲松、头孢噻肟或单环类β-内酰胺类氨曲南，其活性能被克拉维酸及头霉素类抑制。
源自氨苄西林耐药基因amp的头孢菌素酶（Amp Cephalosporinase，AmpC）产生菌，主要见于肠杆菌属、枸橼酸菌属、沙雷菌属、假单胞菌属及蜂房哈夫尼亚菌，细菌一旦产生AmpC菌素，头孢西丁、头孢替坦等头霉素类及克拉维酸、舒巴坦、他唑巴坦等β-内酰胺酶抑制剂耐药。
若细胞同时产生ESBL和质粒型AmpC酶称为超超广谱β-内酰胺酶（Super-spectrum β-Lactamase，SSBL），该类菌株的耐药性更强，传播更易，使相应细菌感染的控制更为棘手。
酶抑制剂耐药的β-内酰胺酶源于TEM-1、TEM-2型酶。最初定名为“IRT，Inhabitor-resistant TEM β-lactamase”，以后均以TEM系列命名，常见于大肠埃希菌，也见于某些肺炎克雷伯菌、臭鼻克雷伯菌、奇异变形杆菌及弗劳地枸橼酸杆菌菌株，对阿莫西林、氨苄西林、替卡西林联合克拉维酸、舒巴坦的复合制剂耐药，但对他唑巴坦复合制剂，如哌拉西林/他唑巴坦则高度敏感。
能水解泰能等碳青霉烯类的β-内酰胺酶逐渐增多，大部分属于分子分类中活性部位带Zn的Class B中的金属-β-内酰胺酶（Metallo-β-Lactamase），其活性可被EDTA抑制。见于革兰氏阳性及革兰氏阴性菌，如：蜡样芽孢杆菌、鼻疽布霍德尔菌、脆弱似杆菌、军团菌、芳香黄杆菌、黄单胞菌属及气单胞菌属中的不同种细菌；有的属于分子分类中活性部位带丝氨酸的Class A酶，常见于阴沟肠杆菌，粘质沙雷菌，鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌，这些酶可被克拉维酸抑制，而不受EDTA的影响，能高度水解亚胺培南，同时也能水解氨苄西林、羧苄西林和头孢拉定，有时还和AmpC酶同时存在，介导更广泛的耐药。
对异烟肼和利福平耐药的多重耐药结核分枝杆菌（Multidrug resistance Mycobacteria tuberculosis,MDR-Tb）使抗结核治疗面临更加艰巨的历程。
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