改善卫生条件和普及卫生知识对沙眼的预防非常重要，应注意个人卫生，不公用毛巾及面盆等洗浴用具。家庭成员集体同时治疗。孕妇沙眼衣原体感染的筛查及彻底治疗可以大大减少新生儿感染机会。泌尿生殖系统感染及性病淋巴肉芽肿的预防同性病预防。对高危人群可预防性用药。对于鹦鹉热的预防应注意：加强进口动物的海关检疫，严禁偷运病鸟及带菌鸟入境。开展卫生宣传，尤其是因职业关系经常与禽类接触者应注意防止职业感染。出现疫情时，要尽早查明疫源，处死及销毁病鸟，禁止销售感染了衣原体的鹦鹉及其他玩赏鸟。患者应住院隔离治疗，并注意对其他有病鸟接触史人员的医学观察。孕妇应避免与病鸟接触以免感染而造成流产综合征。衣原体对常规消毒药剂敏感。
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