1.仔细研究填料的说明书，同样是His-tag或GST标签的填料，但不同厂家，或者不同分辨率，其缓冲液和洗脱浓度都是有差异的，务必注意！比如，在选择填料时，可选择颗粒稍微细些的填料，分辨率会更好些。
2.在样品的各阶段都要控制杂蛋白，以最常见的His-tag，可溶表达为例，上样时，加入低浓度（5-10mM咪唑）；上样后，多洗几个柱体积的缓冲液及低浓度咪唑（20-50mM），更多的洗掉杂蛋白（请注意，在这个过程也会伴随目标蛋白的缓慢洗脱，会一定程度降低得率，所以需要优化时间和浓度）；再采用梯度咪唑洗脱目标蛋白。（所以，第一次用连续梯度洗脱，观察最佳洗脱的咪唑浓度是很有必要的）；
3.如果一种方法（如亲和）经过优化，某些杂蛋白可能就是难以分离，仍不足以得到理想的纯度，完全可以采用第二步纯化，如离子交换，往往会达到事半功倍的效果，比你总折腾一种方法划算。
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