根据患者发病早晚，分为早发型及晚发型。临床表现复杂多样，缺乏特异性，往往易误诊。
1.早发型
患儿于1岁以内起病，严重患儿于新生儿起病，出生时正常，数日后发病，初发症状多为喂养困难、呕吐、脱水、低体温、嗜睡、肌张力低下、惊厥和呼吸困难，若未及时治疗则病情进行性加重，出现酮症、代谢性酸中毒、高氨血症、昏迷，病死率极高。
婴儿期起病的患儿多表现为喂养困难、厌食高蛋白食物、反复呕吐、智力和运动发育落后、惊厥、肌张力低下。
2. 迟发型
个体差异显著，可于1岁至成年发病，常见早期表现为厌食、发育迟缓、惊厥、肌张力低下、精神行为异常等。常因发热、饥饿、高蛋白质饮食、感染、药物、预防接种等诱发急性代谢紊乱。
丙酸等有机酸代谢物蓄积还常造成骨髓抑制，引起贫血、粒细胞减少、血小板减少，有易感染和出血倾向。极少数患者还可表现有视神经萎缩、听力缺失、慢性肾功能衰竭和卵巢功能早衰等。
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