CIDP的临床表现与AIDP相似，免疫治疗有效，提示该病有免疫介导的发病机制，但CIDP的机制及其与AIDP的关系并不清楚。在CIDP中，自身免疫反应性T细胞和B细胞发生分化，引起周围神经的自身免疫性损害，分子模拟可能是重要的病理启动机制。在AIDP的研究中，发现了一系列周围神经抗原和相关的自身抗体，但CIDP的分子模拟机制在分子靶点上缺少足够的证据。
但分子模拟假说不能解释CIDP的全部免疫学和病理学改变。CIDP似乎是一种器官特异性的免疫介导的疾病，起源于细胞免疫反应和体液免疫反应对特征未完全确定的周围神经抗原的协同相互作用。
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