omg OMx 播客 | 布鲁克生命科学质谱部总裁 Rohan A. Thakur

这一切都始于一项颠覆性技术，我们相信，它可以撼动蛋白质组学市场并与现有技术相竞争。

我们的团队看到了捕集离子淌度（TIMS）技术的潜力。我们知道它会撼动蛋白质组学市场，并与现有的技术竞争。详细来说，在蛋白质组学领域，大多数液相色谱的运行需要很长时间——平均需要大约2个小时。但是，通过使用timsTOF及平行累积连续碎裂技术（PASEF），可以在短短20分钟内获得相同数量的信息！它绝对是游戏规则的改变者。

我们一旦拥有单日处理大量样本的速度，我们就需要通过软件来将这些数据文件转换为可操作的信息。这就是需要引入PaSER（一款拥有强大数据处理功能的蛋白质组学数据搜索引擎）的时候。现在，布鲁克第一次在硬件上有了创新，能够在数据采集结束后立即向用户提供结果信息。单日样本分析数量的快速增加以及运行结束后可得到分析结果，这两件事加在一起，就形成了一个真正突破性的创新。而在此之前，该领域已经停滞发展了15年左右。

问：布鲁克对血浆蛋白质组学的最新突破有何贡献？

由于肿瘤分泌产物存在于血浆中，血浆蛋白质组学也是布鲁克关注的重点。这也是布鲁克投资PreOmics（一家样品制备公司）的原因。并且，布鲁克目前拥有一款可以快速处理样品的产品。在血浆蛋白质组学的一些应用中，能够在短短5分钟内观测200-300种蛋白质的变化，这令人印象深刻。尤其是在研究或临床环境中，当你想要快速处理和分析数据时，不可能等待几个星期来获得结果。TIMS技术、结合PASEF技术带来的速度与PaSER软件的组合，使我们每天都能处理大量样本并获得信息，并得出可用于做决策的信息，或作为辅助测试提供建议。我们也有一些令人印象深刻的用户，比如牛津大学的Roman Fisher博士、哥本哈根大学的Matthias Mann和拉德布大学的Alain Van Gool。对于布鲁克在血浆蛋白质组学领域产生的一系列影响，我感到非常激动，同时我们也很自豪能成为其中的一部分。

问：当处于领域科学进步的前沿地位时，合作的重要性是什么？布鲁克成为这些突破的一部分，感觉如何?

布鲁克专注倾听并与该领域的专家密切合作，这是团队的努力。这些早期的使用者会指导我们这项技术的应用方向。我们拥有可以提供帮助的技术，但现在的问题是：这项技术的生物学意义是什么?这些早期使用者和关键意见领袖（KOLs）是行业前沿的真正开拓者。一方面，我们在这里支持他们的工作，助力解决肿瘤和生物学中的复杂问题。另一个方面，他们的反馈帮助我们设计满足他们特定需求的仪器和技术。最终，我们的目标是加强他们的工作，并在该领域产生有意义的影响。

图：人细胞系K562胰蛋白酶消化物鉴定结果（nanoElute系统结合timsTOF HT在dia-PASEF^®模式下，使用Aurora色谱柱（25cm，75μm ID，IonOpticks)，以250 nL/min的流速和60分钟梯度进行分析），使用TIMS DIA-NN进行处理数据（uniprot人源注释数据库）。图片来源：布鲁克生命科学质谱

问：在了解这项技术的潜在应用时，您个人是否有过惊叹的时刻？

对我来说最酷的时刻之一，是我的一位好朋友Roman Fisher给我发了一张照片，这张照片上96孔板一直堆叠到timsTOF的顶部，他说：“看，Rohan，这是你的产品对我们日常生活产生的影响。” 在那一刻，我想，“哇，我们真的做到了！”这是第一次他不用清洗质谱仪就能处理5000-6000个样本。这对我们来说是一个巨大的成就。看到这张照片，我知道我们已经设计了一个强大的可以处理这种工作量的质谱仪，这真的很令人兴奋。对我来说，这绝对是一个“omg”时刻。

问：您对布鲁克空间蛋白质组学和多组学的快速发展和成功有何看法？

我们的KOL之一Matthias Mann，他帮助我们实现了突破。Matthias和他的团队正在使用深度视觉蛋白质组学技术评估并区分肿瘤异质性。他们使用激光捕获显微切割技术（LCM）来更仔细地观察肿瘤微环境中的单个细胞。就MALDI成像技术中是否使用标记的问题，我们内部都有一些争议，最后是与AmberGen的合作帮助我们做出了决定。现在，布鲁克有一种强大的技术，唯一的问题是我们是否能用MALDI方法达到LCMS的高灵敏度从而实现追踪蛋白质的目的。我很高兴我们能够为客户提供两全其美的服务：不仅可以观察单个细胞内的蛋白质，还可以把这两种技术结合起来，从而让用户受益。我们的客户长期要求如此，我也相信在这样美好的时代，我们可以做到这一点。对于这次合作的结果，我非常期待！

问：在这个领域，有没有科学家或研究人员是您钦佩但是还没有机会见面的？如果你愿意的话，可否告知您的“怦然心动人选”，也就是科学领域您尊敬并认为会对科学未来产生重大影响的人？

我已经是这个领域的老人了，所以很荣幸见到了一些大人物，并有机会向他们学习，比如John Yates、Matthias Mann和Albert Heck。到目前为止，这是一个非常充实的职业生涯。但最近什么最让我兴奋呢？是在质谱分析和临床实践建立一座桥梁的新想法。我非常想倾听肿瘤学家的意见，并真正了解怎样才能像基因组学一样，使质谱分析成为临床的常规工具。如果我们能做到这一点，将改变整个游戏规则。

图：使用microGRID技术以5mm横向空间分辨率对小鼠肾脏进行MALDI成像。图片来源：布鲁克生命科学质谱

关于布鲁克生命科学质谱总裁Rohan Thakur

布鲁克生命科学质谱总裁Rohan Thakur博士于2010年加入布鲁克，担任加利福尼亚州弗里蒙特CAM 质谱团队的总经理，并在上任五年内晋升为四极杆业务副总裁和高级副总裁。他在质谱领域拥有超过20年的经验，包括14年的应用和质谱开发经验，同时也是质谱领域多项专利的拥有者。在他的职业生涯中，他曾经担任赛默飞质谱解决方案全球营销总监。在加入Bruker之前，他曾在一家制药CRO担任药物发现总监两年。他在堪萨斯州立大学获得化学博士学位，在罗格斯大学做博士后研究，工作涉及使用高分辨率质谱分析证明开环苯代谢物-DNA和蛋白质加合物的形成。