与成人感染相似，疗程应根据治疗后的临床和真菌学反应而确定。儿童每日最高剂量不应超过成人每日最高剂量。氟康唑应每日一次给药。
粘膜念珠菌病，氟康唑每日推荐剂量为3 毫克/公斤体重。为能更迅速的达到稳态浓度， 第一天可给予6 毫克/公斤体重饱和剂量。
系统性念珠菌病和隐球菌感染， 根据疾病的严重程度， 每日推荐剂量为6 至12 毫克/公斤体重。
防止艾滋病患儿隐球菌脑膜炎复发：氟康唑推荐剂量6 mg/kg，每日一次。
为防止免疫功能缺陷患儿经细胞毒化疗或放疗出现中性粒细胞减少后发生真菌感染的危险， 根据中性粒细胞减少的严重程度和时间长短，氟康唑的剂量应为每日3-12 毫克/公斤体重（ 参见【用法用量】中成人用药部分， 对肾功能受损的患儿参见肾功能受损患者用药部分）。
年龄不大于4 周患儿用药：氟康唑自新生儿体内排出缓慢。不大于2 周的患儿剂量可按年长小儿， 但应每72 小时给药一次。出生后3-4 周的患儿，给予相同剂量，每48 小时给药一次。
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