乙酰唑胺在眼科短期及间歇使用中很少发生严重不良反应，某些不良反应是磺胺衍生物所共有的，也有些不良反应呈剂量相关性。
1、常见四肢麻木及刺痛感、恶心、食欲缺乏、困倦、体重减轻、抑郁、金属样味觉，腹泻及多尿等。
2、偶见听力减退以及首次用药后出现暂时性近视、磺胺样皮疹。
3、罕见剥脱性皮炎、粒细胞减少症或再生障碍性贫血。
4、长期用药可加重低钾血症、低钠血症、电解质紊乱及代谢性酸中毒等症状以及肾脏并发症（如肾绞痛、结石症、磺胺尿结晶、肾病综合征等）。长期服用能引起感觉异常、胃肠功能紊乱、食欲缺乏、嗜睡、疲惫、暂时近视。长期服用易致低血钾，应及时补充钾盐。该药可使尿酸排出减少，治疗期间有报道使痛风加剧者。对已有肾病的糖尿病患者，可使肾功能迅速减退。长期用药尿呈碱性，磷酸钙结晶易于沉淀，而发生肾结石，有时可发生急性肾功能衰竭。也可出现磺胺类的不良反应，如皮疹、结晶尿、粒细胞缺乏、再生障碍性贫血及血小板缺乏症。
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