颅底凹陷症的治疗手术是本病唯一的治疗方法，目的是解除畸形对延髓、小脑或上位精髓的压迫，重建脑脊液循环通路和加固不稳定枕骨脊椎关节，适应症为临床症状严重、X线摄片及MRI显示明显畸变的病例。如患者临床轻微，及时影像学可见畸形也不宜手术。
扁平颅底是颅颈区较常见的先天性骨畸形，如单独存在一般不出现症状，常与颅底凹陷症并发，诊断主要依据颅骨侧位片测量颅底角，即蝶鞍与斜坡所形成的角度，在颅骨侧位片上，由鼻根至蝶鞍中心连线，与蝶鞍中心向枕大孔前缘连线所形成的夹角，成人的正常值是109-145度，平均132度，本病患者颅中窝、颅前窝底部和颅底斜坡部均向颅内凹陷，使颅底角大于145度有诊断意义。
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