蛋白组学、代谢组学服务专家
编者按
我们都知道，多组学联合分析目前是比较热门的研究形式。在发paper中，往往审稿人或者编辑都会提出要求上传原始数据，所以学会多种组学的原始数据上传方式非常有必要。上期小鹿分享了蛋白质组数据如何轻松上传到公共数据库？之后，很多老师都反馈简单好用~本期小鹿带来技能分享—代谢组学原始数据如何上传公共数据库，解决您投稿前的最后一只拦路虎！
MetaboLights
MetaboLights作为EMBL-EBI数据库的子数据库，是重要的代谢组学实验和衍生信息的数据库。该数据库是跨物种、跨技术的数据库，涵盖了代谢物结构及其参考光谱，以及它们的生物学作用、位置和浓度，以及来自代谢实验的实验数据。MetaboLights是许多领先期刊的推荐代谢组学资料库。
网址 | https://www.ebi.ac.uk/metabolights/
1.账号注册与登录
步骤一：打开网址，注册MetaboLights帐户；
https://www.ebi.ac.uk/metabolights/
步骤二：登陆注册邮箱，激活账户，
2.数据上传
步骤一：登录。
步骤二：进去之后
步骤三：
步骤四：2种选择“现在上传原始数据”和“延后上传原始数据”，如需要现在就上传数据，请按照下图
步骤五:系统会生成一个project，还有一个独有的项目号MTBLxxxx;之后
备注：可记录下项目编号和网址链接（便于后面查看自己数据信息，或是写入论文）
步骤六：2种数据上传方式，Aspera Upload和Private FTP Upload，选择Aspera Upload（上传数据快），
步骤七：
步骤八：
步骤九：在这个界面可选择性填写信息，可以选择“Skip”，跳转页面
Technique：Mass spectrometry
Assay：LC-MS
Define assay：LC
Scan polarity：Alternating
Column Type:Reverse Phase
之后
步骤十：
步骤十一：
步骤十二：之后
Status（状态）：刚创建项目时，这里都是''Submitted''状态，只有你按照网站要求准确填写并且最后没有报错（error），你才可以手动把状态改为“In curation”，此后你的项目数据才会呈递到网站审核人手里，由他们进行数据的审核以及补充，只有通过curation，数据最终才能be public
Release Date（数据释放日期）：这个也是我们自己选择的，你可以根据自己的需要，结合文章online的时间。自行选择数据公开发布的时间点，这个时间咱们是可以更改的。
Validation（数据验证结果）：网站根据你上传的数据以及你提供的测序参数，审核你数据的完整性、真实性及可靠性，而后给出是否允许你的数据公开的判断，我这里因为还没填写完整，所以现在是''Failed''
Publications: 这里主要涉及该部分数据的文章情况，你要在这里如实填写文章title、key words、author、abstract以及factor信息，值得注意的是factor指该研究的变量（可以是药物类型、药物浓度、基因类型等等），此外，如果你已经有文章稿子了，可以把稿件上传帮助后台审核数据。
步骤十三：分别在Description，Protocol，Sample，Assays，Metabolites，Files，Study Validation选项卡填入论文相关信息，
这里还会要求你把文章的PMID、DOI号填上，但是如果文章还没发表，实在没有可以不填。
Descriptions：把文章的keywords跟factor填上，该项技术难度指数零颗星
Protocols：技术难度三颗星，每项必须超过两句话，不然就会报错。
Samples：填样品信息
Assay：信息跟前面protocol一样，按照各个步骤填上相应的参数即可
Metabolites：测序公司会提供一个最终从你样品中识别到的代谢物信息表，直接上传即可，注意代谢物名称那一列只需要写代谢物名称即可，其他信息删掉
Files：我们可以在这一栏浏览我们上传的所有原始数据文件，以及前面几个条目所填项自动生成的表格
3.查看数据
步骤一：到主界面，
步骤二：
步骤三：在“Validation“后显示”√“时，表明数据上传成功了。至此，数据上传完毕。
学会了吗？快来试一试吧~
.
文末看点｜lumingbio
猜你还想看
◆双十一·提前购 | 空间多组学“火”促中...
◆暖冬大“放价” | 4D蛋白组学低价抢“鲜”领~
◆蛋白质组数据如何轻松上传到公共数据库？
◆封面文章 | 再帕尔·阿不力孜、贺玖明研究团队运用空间代谢组学绘制大鼠脑代谢网络图
首页
