快问快答 | 快来ATOPlex平台定制你的建库试剂盒！

MGI华大智造

2021.12.10

深圳华大智造科技有限公司

近日，华大智造发布的ATOPlex多重PCR建库试剂盒定制化平台助力瑞典首例Omicron溯源，引起了业界广泛关注。基于自主研发的单管超高重PCR技术，针对目标基因序列，华大智造ATOPlex平台可提供个性化的多重PCR引物池，以及包括对应的扩增体系在内的一整套靶向建库试剂。

华大智造ATOPlex平台采用定制化方案，能够满足粗样本（如血斑裂解液）直接进行特异性扩增目标基因的需求，支持检测点突变、小的插入缺失、拷贝数变异、STR和固定Fusion，适用于分子育种、遗传病研究、公共卫生等多种方向的应用。该平台的发布也引发了业内对探针捕获技术和多重PCR技术的关注和讨论，因此，华大智造整理了关于ATOPlex平台的10个常见问题，与大家分享。

Q1：关于探针捕获技术和多重PCR技术，这两种技术各有什么优势，分别适合什么场景？

首先，从Panel大小来看：探针捕获技术适合区域大于1M的Panel，而多重PCR适合区域小于1M的Panel。

其次，从实验操作来看：探针捕获实验操作复杂，周期长，而多重PCR操作简单，周期短；探针捕获要求的起始量高（>200 ng)，而多重PCR要求起始量低(>1 ng)。

最后，从应用类型来看：多重PCR适合目标明确，区域不大的应用，如靶向用药，而探针捕获适合大范围的寻找可能的致病源，如罕见病检测。对于临床口的科研应用来讲，多重PCR技术在实验操作和周期上更适合。

Q2：华大智造ATOPlex平台是如何做到无需提取DNA即可实现序列扩增呢？

华大智造ATOPlex多重PCR体系能够兼容多种样本，如血斑或干血片样本也可以。这是因为：华大智造ATOPlex平台自主研发并优化了多重PCR扩酶体系，能够兼容多种抑制剂进行高效率扩增，此外,华大智造ATOPlex平台采用自主研发的单管超高重PCR技术，通过独特的引物设计方法能够有效减少引物二聚体和非特异性靶标的生成，让实验结果更可靠；该技术可实现在同一个反应管中同时完成对微量样本近2万个靶标的扩增，整个扩增过程仅需2步PCR，无需转管，让实验操作更简单；而且能够兼容复杂的扩增体系，支持直接用裂解产物进行多重PCR扩增，大大拓展了检测样本的范围。
ATOPlex建库的主要步骤：第一轮：特异性PCR（30-60分钟）、纯化（30分钟）；第二轮：通用PCR（30-60分钟）、纯化（30分钟）。

Q3：基于ATOPlex平台的高通量测序可以同时检测同一个基因的融合、扩增和突变么？

对于基因的融合，一般是在RNA水平上进行检测，而扩增和点突变等是基于DNA水平上检测的。
一般情况下融合和扩增、点突变需要分别根据RNA和DNA建两个靶向文库，然后在混合在一起进行测序。
基于华大智造ATOPlex平台，针对肿瘤应用定制开发的热点突变试剂盒，可以一次建库中完成RNA和DNA两种靶向文库的制备。

Q4：基于ATOPlex平台的建库试剂盒定制交付实物是什么？

主要包含两部分：（1）目标基因引物池；（2）通用扩增试剂盒（含Barcode模块和扩增模块）。

Q5：基于ATOPlex平台的定制化建库试剂盒配套分析软件的需求如何解决？

华大智造ATOPlex定制试剂盒仅包括定制扩增的引物池和配套扩增试剂盒。我们鼓励您自主开发配套的分析软件。

Q6：如何利用ATOPlex平台设计引物？

常规的引物设计可以通过ATOPlex网站在线实现：ATOPlex.mgi-tech.com
注册/登录后，选择hg19和hg37基因组，提供基因组名称、基因位置信息、rs号即可进行对应区域的引物设计。
如引物设计重数超过2000重，可直接邮件联系ATOPlex技术团队:MGI_ATOPlex@MGI-tech.com

同时也可以通过上传参考基因组实现自定义设计，自定义基因组小于（4 Mb），可以直接在ATOPlex网站在线实现：

ATOPlex.mgi-tech.com

如自定义基因组超过4 Mb，可直接邮件联系ATOPlex技术团队:

MGI_ATOPlex@MGI-tech.com

一键开启自助式引物设计之旅

Q7：基于ATOPlex平台的定制化建库试剂盒有无建议的样本投入量？

基于人领域的靶向捕获，DNA、RNA推荐10 ng。样本投入量根据不同应用领域进行调整；在某些领域，最低的模板投入可低至10个拷贝基因组。

Q8：采用ATOPlex定制化建库试剂盒，对测序读长和测序数据量的建议？

ATOPlex试剂盒适配DNBSEQ平台，包括MGISEQ-200、MGISEQ-2000和DNBSEQ-T7等机型：
对于FFPE样本，推荐扩增子设计为100-200 bp，推荐测序读长PE100。
对于cfDNA，推荐扩增子设计为60-120 bp，推荐测序读长PE100。
对于常规基因组DNA，推荐扩增子设计为100-300 bp，推荐测序读长PE100或者PE150。

Q9：基于ATOPlex平台有哪些文章发表？

Q10：如何订购ATOPlex定制化建库试剂盒？

首先，在ATOPlex 网站（atoplex.mgi-tech.com) 进行自助式引物设计；
其次，根据您得到的引物设计报告中对应的编号和重数，联系智造销售进行下单；
最后，接到您的订单后，我们会与您取得进一步的联系，经过多次沟通和确认后，进行生产和交付，整个周期大概在20-30个工作日内（视实际开发情况而定）。