背景介绍
BACKGROUND
基于质谱（MS）的定量蛋白质组学在疾病机制、临床生物标志物和药物靶点开发等相关研究中具有重要意义。近年来，随着质谱仪的灵敏度、分辨率、扫描速度等的飞速提升，蛋白质组分析的通量、灵敏度和覆盖度随之提高。但是，蛋白质组学样品前处理流程复杂、处理时间长，造成了样品前处理不稳定、处理样品数目有限的问题，制约了蛋白质组学用于大规模临床样品分析，急需适配临床蛋白质组学分析的前处理方法。
AOSP多肽提取试剂盒
针对常见蛋白组学样品前处理过程中遇到的问题，氨探生物开发了AOSP多肽提取试剂盒，从蛋白裂解、还原烷基化、蛋白酶切、肽段脱盐和冻干浓缩五个方面进行了优化，从样品到上机小于5小时，该方法颠覆了传统蛋白质组前处理需过夜、重现性差的短板，便于规模化、自动化、工业化分析。氨探生物经过上万例的蛋白质组学样品测试，验证了AOSP多肽提取试剂盒能够提供更可靠、重现性更高的高质量蛋白质组学数据。
实验步骤
AOSP多肽提取试剂盒适用于组织、细胞、血清、血浆、唾液、尿液、脑脊液等多种类型的生物样本， 其主要处理流程如下：
图1. AOSP多肽提取试剂盒的蛋白质组学前处理流程图
实验结果
我们使用AOSP多肽提取试剂盒对293T细胞样品进行了蛋白质组样品前处理，在8次生物学重复中，稳定获得70000种肽段和6500种蛋白质的深度稳定定量。酶切得到的293T肽段中，90.32%的肽段为完全酶切的肽段；除打开二硫键引入的半胱氨酸烷基化修饰外，极少引入非特异化学修饰 （QE HF-X 30min DIA， 1 μg）。
图2. AOSP多肽提取试剂盒性能展示：（A）30min梯度，定量肽段和蛋白的数目；（B）酶切肽段漏切位点数目；（C）酶切肽段的修饰比例。
随后我们测试了不同操作人员使用AOSP多肽提取试剂盒进行样本前处理的效果，在3次生物学重复中，三位操作人员均稳定获得94000种肽段，8000种蛋白质的定量覆盖度，重复间样本CV值在10%以下，鉴定数量多且结果稳定（QE HF-X 60min DIA，1 μg）。AOSP多肽提取试剂盒除了具有便捷的蛋白样品前处理、优异的蛋白质组数据之外，不同操作人员可以达到近乎一致的水平。
图3. 不同操作人员测试AOSP多肽提取试剂盒的性能。（A） 60min梯度，三个操作人员鉴定肽段和蛋白数目；（B）三个操作人员及总定量蛋白强度的RSD。
最后，我们测试了AOSP多肽提取试剂盒对于不同起始量（39ng、156ng、625 ng、2.5 μg和5 μg 293T细胞样本）样本前处理的效果，在重复三次中分别鉴定到7000、18000、36000、53000、60000种肽段和为1600、3100、4800、5700、6000种蛋白质（QE HF-X 30min DIA，上样量为起始量的1/10），显示出较高的灵敏度。
图4. AOSP多肽提取试剂盒对于低丰度样品的肽段（A）和蛋白（B）鉴定数量统计图。
总结
氨探生物开发的AOSP多肽提取试剂盒适用于多肽、蛋白质的提取、富集和纯化等，可快速方便地从微量样本中获取多肽，处理后的产物可直接进行质谱分析。试剂盒具有标准的蛋白前处理流程，深度和灵敏的蛋白定量结果，优异的产品质控，能够做到最大程度降低质谱样品前处理的复杂程度，获得极佳的蛋白质组学分析性能。
此外，AOSP多肽提取试剂盒完全适配于一站式组学和临床质谱样本前处理工作站ASOP-Elite 200/1000，后者内置严格验证的组学样本前处理方法，能够以自动化的方式同时处理96个样本，显著提升临床蛋白质组学分析的通量和稳定性。
参考文献
1. High-throughput, in-depth and estimated absolute quantification of plasma proteome using data-independent acquisition/mass spectrometry ("HIAP-DIA"). Proteomics. 2021 Mar;21(5):e2000264.
2. Standardization and harmonization of distributed multi-center proteotype analysis supporting precision medicine studies. Nat Commun. 2020 Oct 16;11(1):5248.
3. Microscaled proteogenomic methods for precision oncology. Nat Commun. 2020 Jan 27;11(1):532.
Untangled Biosciences
解构健康奥秘、探寻生命答案，氨探生物以一流的分子表型组平台和成熟的临床转化应用体系，为优秀的研究团队进行技术和数据赋能，致力于实现分子表型水平的精准诊疗。
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