介绍
Automated MS Structure ID 是ACD质谱软件MS Workbook Suite的一个增强性的功能组件，可用于对高分辨质谱的全扫描数据里的组分进行识别，将识别出的组分进行结构数据库的搜索。搜索的结构数据库可以选用ACD提供的数据库是超过9000万化合物的PubChem数据库，也可以选用用户自建的某个细分知识领域的已知结构数据库。搜索结构数据库后，命中的同分异构体结果以质谱结构碎片归属情况来进行打分排序，也可以附加预测保留时间以进一步过滤结果。
本功能组件所描述的流程如果与ACD的谱图数据库检索流程(IXCR)进行联合使用，其应用会更为广泛。
以下为AutomatedMS Structure ID工作流程过程举例：
壹·导入数据
打开MS Workbook Suite 的工作界面
导入含有MS1,MS2的LC-HRMS-MS数据。ACD的软件能够支持市面上的所有的高分辨质谱的原始数据类型，这一点让有跨平台分析需求的实验室可以在一个软件上读取包括ABSciex, Waters, Agilent, Shimadzu, Bruker等公司的质谱数据。
样本数据打开如下：
贰·处理数据
选定要处理的对象谱图的区域如下白色范围：
即可运行组分化工具，提取上图白色范围内所有有价值组分：
提取组分的数量和多少皆可如下图进行调节：
叁·基于分子量进行PubChem数据库的搜索
在工具栏打开Automated MS Structure ID
出现运行AutomatedMS Structure ID的对话框
根据实际情况进行组分化，分子量窗口宽度，元素组成等。
然后确定搜索目标结构数据库的列表如下：
用户可以制作自己的目标物结构数据库。PubChem数据库毕竟是个非常庞大的库，同分异构体量很庞大，制作小型的专业的数据库更有实际意义。例如：E&L数据库，天然产物数据库等。
搜索出的同分异构体将进行自动化的碎片归属，基于ACD MS Fragmenter的碎片预测分析的能力，对搜索结果进行排序，设定保留排序靠前的分子的数量。
约定：质谱碎片归属参数d(MS)数值越接近于1,结构和实测二级谱图的吻合度越高。
查看每个组分的定性结果时，每个组分的候选结构都会随之显示。
手动将二级质谱抽提
同目标结构进行自动化归属
获得最终的归属情况。
肆·补充功能：利用ChromGenius预测保留时间减少候选结构（可选）
基于ACD/ChromGenius的功能，对候选物的保留时间进行预测计算。
选择应用ACD/ChromGenius的用户数据库前，用户需要在当前液相方法上建立分子结构相关理化性质和保留时间之间的多元线性数学模型。具体建模过程，另文描述。
经过保留时间的过滤后，数据量将大幅减少，用户可对筛选后数据结果进行进一步选择和查看。
结论
以上过程描述了ACD/Automated MS Structure ID Suite的功能。ACD/Automated MS Structure ID Suite可以用于天然产物的高分辨质谱排重，E&L研究，杂质研究等等。稍后会有更多的案例奉献给读者。
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