生信小工具 | KEGG富集分析

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富集分析是将代谢物根据已知的信息进行分类的过程，目前常见的富集分析主要为KEGG富集分析以及GO富集分析。

对于代谢物而言，KEGG富集分析可以更好的展示代谢物与代谢通路之间的联系。常见的可视化形式主要为以下两种：KEGG柱状图、KEGG气泡图。

因KEGG柱状图仅能展示富集的条目与p值，而气泡图则可以展示富集条目与p值以及代谢物数据这三者的联系，因此更多的文献都是选择以气泡图这种可视化形式来展示富集结果。所以本次就以气泡图的可视化作为此次分享内容。

将富集条目KEGGPathway作为x轴，ration作为y轴，Pvalue作为颜色输入，并选择散点作为展示形式，以代谢物个数设置为散点大小。

添加四周边框，color为边框颜色

设置颜色，越显著颜色越红，越不显著颜色越蓝

使用labs进行设置x，y轴等名称标签

将x轴与y轴对调

至此，我们就可以自行画气泡图，或者也可以利用我们公司的云平台工具直接画气泡图，下一期我们将分享R语言热图绘制，敬请期待~

直播预告

如何筛选入组样本？

如何设计完整的发现-验证实验？

如何处理高维且复杂的代谢组数据？

如何筛选最关键的代谢标志物？

如何评估标志物的诊断效能？

机会来了！和作者面对面，聆听文章背后的故事之《跟着NC作者一起学习肠道菌群研究思路》系列直播经一个多月的打磨终于要在下周二跟大家见面了。诚邀我们的客户上海中医药大学协同创新中心副研究员王睿瑞老师领衔授课，迈维代谢高级产品经理&资深生信研发工程师齐齐加盟，为您的肠道菌群研究答疑解惑，保驾护航！