针对近期ACD/MetaSense 用户反馈，DDA模式采集数据软件运行时间长，效率低的问题，本文以AB SCIEX Triple TOF 5600代谢数据为例介绍一下如何设定软件参数优化运行时间。文中案例数据二级质谱的采集方式为DDA (Data Dependent Acquisition) 模式，其它仪器如果数据采集方式为DDA也可以参考此指南进行参数设定。
► 打开Metasense主程序界面，设定好样品名和数据，建议先将数据在Processor中转成 .spectrus格式，这样可以减少软件运行时间。设定好Parent的保留时间，数据分析保留时间区间，注意设定格式，此例中设定为8..25。Triple TOF的MS Accuracy的设定推荐为0.005Da。
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► 通常软件会自动识别仪器种类和采集模式 (Instrument Type Acquisition Type) ，如果不能正确识别就需要人工进行指定，在Acquisition Type下拉菜单中选择DDA。External Metabolite List选择默认的ACD/Percepta，
► 在Component Detection Algorithm中选择ItelliTarget。
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► 将Data Analysis Region中将Full改为false，Start tR和End tR中设定对应的数据分析区间，此例中分别设定为8和25。在Peak Picking栏中设定组分的标峰参数，其中主要可以调整Peak Minimum Height， Peak S/N Threshold和Peak Area Threshold，这三个参数分别是最小峰高，峰的信噪比和最小峰面积的阈值，Peak Picking中的参数要根据自己数据的实际情况进行调节。此例中将最小峰高阈值设定到占最大峰高的0.1%。Smoothing栏中无需做任何调整，不需要进行平滑处理。在Target Analysis栏中设定提取组分提取MS 谱图的MS精度 (Mass Accuracy for MC Generation) 高分辨质谱可以设定为0.005Da，在组分分子式吻合度指数FFQ (Formula Fit Quality Index) 中设定为0.5，该指标是所选组分的计算同位素模式和实验同位素模式的 “相似性度量” ，完全吻合的是1，最不吻合的是0，一般可以设定一个中间数值0.5 。
► 勾选窗口右侧Advanced，进入高级参数设定窗口
► 此高级参数设定窗口中仅需要设定一个参数，找到Mass Accuracy for Peak Labeling，设定Mass Accuracy到0.005Da，此参数设定的是MS谱图中数值显示精度。
► 至此组分识别IntelliTarge参数设定完成
► 勾选主界面右下角Use Advanced Setting进入高级参数设定
► 在此高级参数设定中Metabolite Confirmation栏中针对不同的实验类型做相应的调整，如果你的实验为单点数据请将Remove Metabolite With Maximum in T0，Remove Metabolite with Only One Peak, Remove Metabolite with Slow Speed Reaction和Remove Metabolite with Significant Fluctuation调整为False，如果你的实验是多点实验如孵化实验，可以将这四个参数调整为True。此例为单点实验，所以这四个参数均为False。
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