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干货满满!流式检测CAR T细胞PK的方法学验证

安捷伦细胞分析
2023.8.08

目前全球已有9款CAR T细胞治疗产品上市用于治疗B细胞肿瘤。不同于传统药物,CAR T在静脉注射给药后会分布到各个器官包括肿瘤组织,循环浓度在短时间内下降,随后CAR与肿瘤靶点结合,CAR T细胞被激活并增殖,循环CAR T细胞往往在给药2周达到峰值,之后根据个体差异呈现不同程度的下降趋势,有的个体会长期监测到一定水平的CAR T细胞,并且与长期缓解有关。因此监测CAR T细胞在外周血循环药代动力学(Pharmacokinetics,PK)对于临床预后的判断至关重要。


目前实验室常用的方法有ddPCR, qPCR以及流式细胞术(FCM)等,ddPCR和qPCR均是在转基因水平监测CAR的拷贝数,而在医院等实验室很难获得厂家的scfv序列,因此很难进行监测。而FCM是目前实验室最常用的检测手段之一,不管是科研单位还是医院流式细胞仪都是必需的的检测仪器,因此利用FCM方法来监测CAR T细胞的PK是最简便且快速的方法,且同时可以进行免疫分型以及T细胞功能的检测。


这篇文章中,华中科技大学同济医院的科学家以CD19 CAR为例,验证商业化抗体Rabbit anti-mouse FMC63单抗R19M 检测CAR19 T细胞的特异性、最低检测限LOD、最低定量限LLOQ以及精密度,同时通过大量临床样品验证了FCM和ddPCR方法学的相关性和一致性(准确度),具体信息已在表1和图1中详细阐明。


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CAR T细胞药代动力学的一般规律:FDA推荐推荐CAR T细胞相关PK参数包括:达峰浓度(C max);达峰时间(T max);部分药时曲线下面积(pAUC);最后观测浓度(C last);C last时间以及半衰期(t 1/2);


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表1. 验证设计方案以及数据统计评估


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图1. 整体验证方案的工作流程图


01

特异性


本研究中,对比了三种CAR检测抗体protein L、CD19抗原蛋白以及抗CAR抗体R19M在外周血样本中的特异性,通过图2结果表明protein L的特异性较抗原蛋白和R19M抗体差,而重组抗原蛋白存在不稳定性,因此本研究选择特异性和稳定性较好的R19M进行CAR T药代动力学的检测。

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图2. Agilent NovoCyte流式细胞仪进行圈门策略以及抗体特异性验证


02

灵敏度

流式方法分析的灵敏度包括最低检测限LOD也就是指信号值与背景值得区分能力,本研究中根据 15 份不含 CAR19 T 细胞的 外周血样本的 FCM 检测结果计算出 LOD(即平均值加三倍 SD 值)。最终检测出平均值为0.016%,而SD为0.00696%,因此LOD最终为0.03678%(图2B)。


基于LOD值,利用wild-type 293FT细胞梯度稀释阳性对照细胞293FT-CAR19,将CAR阳性比例的最低理论值设置在0.05%。根据图3结果,7个稀释梯度的检测值与理论值线性相关R2=0.9999。且在最低稀释比例组中,9个样品的平均检测值为0.048%,intra-CV为10.8%,inter-CV为2.0%。结果表明,当采集足够多的细胞时,通过R19M 抗体流式检测 CAR19 阳性细胞的的 LLOQ 设为 0.05% 是安全的。


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图3.Agilent NovoCyte流式细胞仪进行梯度稀释293FT-CAR19细胞的线性检测结果


03

准确度

本研究中通过ddPCR的方法来验证准确度,并在两种来源的阳性样品(293FT-CAR19细胞系和188份CAR19 T细胞治疗后的临床外周血样本)上进行了FCM和ddPCR的并排检测。根据检测结果分析CAR T/Lym 和 copies/μg DNA的相关性,在阳性细胞系上的结果表明二者的斯皮尔曼相关系数为1(图4A),呈完全相关。而在临床样本数据中,188个样本的相关系数为0.6875呈强相关。


研究者发现在CAR T/Lym<0.5%的样品中,FCM和ddPCR数据呈弱相关(r=0.3577)。当只分析CAR T/Lym>=0.5%的样品,发现相关系数增加到了0.814,呈极强相关性。这些数据共同表明在临床检测中,ddPCR 和 FCM 在监测 CAR19 T 细胞药代动力学方面具有相对较好的一致性,同步证明了FCM作为临床上CAR T细胞PK检测方法的准确性。


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图4. FCM和ddPCR检测结果的相关性研究结果


04

精密度

使用 CAR19 阳性的 293FT 细胞系通过梯度稀释制备了标准样本。每个样本在三个独立实验中进行处理和检测,每个实验有三个重复,并测定FCM和ddPCR两种方法的 inter-CV和 intra-CV值。结果显示所有结果中CV均不超过18%,表明两种方法都能精确定量CAR19阳性细胞。然而发现两种方法的CV在CAR19丰度下降时均会升高,表明两种方法在定量低表达丰度的CAR19时精密度都会下降。


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图5. FCM和ddPCR的精密度对比研究结果


05

总结

应用 FCM 是检测和定量体内CAR19 T 细胞的一种可靠的方法,它与 ddPCR 具有良好的一致性。在检测 CAR T 细胞丰度较低的样本时,ddPCR 和 FCM 的精确度都有所下降,导致两种技术的一致性降低。因此,同时采用ddPCR 和 FCM 两种方法检测 CAR T 细胞可为体内 CAR T 细胞动力学提供更可靠的结果。


而本研究中FCM采用的是安捷伦Novocyte系列智能化流式细胞仪,Novocyte系列流式细胞仪配备顶级的核心硬件,保证仪器的性能与灵敏度。可提供多达 5 个激光器和最多 30 个独立检测器,多达 30 个荧光通道的灵活选择。软件设置中英文界面,并做到采集与分析为一体,同时内置多种数据分析模块。搭配自动化上样系统NovoSampler Q,可集成到不同的实验室自动化平台中,满足流式管、不同规格EP管以及多种微孔板等,能够实现无人值守自动化采集功能。Novocyte系列流式细胞仪一直以来以其卓越的性能、高灵敏度以及操作简便而深受客户的喜爱。


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参考文献




1.  Considerations for the Development of Chimeric Antigen Receptor (CAR) T Cell Products Draft Guidance for Industry. U.S. FDA. https://www.fda.gov/media/156896/download

2.  Cheng, J, Mao, X, Chen, C, Long, X, Chen, L, Zhou, J, et al. Monitoring anti-CD19 chimeric antigen receptor T cell population by flow cytometry and its consistency with digital droplet polymerase chainreaction. Cytometry. 2023; 103(1): 1626. https://doi.org/10.1002/cyto.a.24676

3.  Sarikonda, G., Mathieu, M., Natalia, M., Pahuja, A., Xue, Q., Pierog, P. L., Trampont, P. C., Decman, V., Reynolds, S., Hanafi, L. A., Sun, Y. S., Eck, S., Hedrick, M. N., Stewart, J. J., Tangri, S., Litwin, V., & Dakappagari, N. (2021). Best practices for the development, analytical validation and clinical implementation of flow cytometric methods for chimeric antigen receptor T cell analyses. Cytometry. Part B, Clinical cytometry, 100(1), 79–91. https://doi.org/10.1002/cyto.b.21985

4.     Dasyam N, George P, Weinkove R. Chimeric antigen receptor T-cell therapies: Optimising the dose. Br J Clin Pharmacol. 2020 Sep;86(9):1678-1689. doi: 10.1111/bcp.14281. Epub 2020 Mar 24.


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