呼吸道感染是儿童发病率和死亡率最高的原因之一[1]。病原体包括肺炎链球菌、结核分枝杆菌、百日咳博德特氏菌、大肠杆菌、肺炎支原体、肺炎克雷伯菌、呼吸道合胞病毒（RSV）、人偏肺病毒（hMPV）、人腺病毒（HAdV）和新型冠状病毒 (SARS-CoV-2)[2-6]。由于儿童免疫系统不发达，呼吸道感染的并发症，包括支气管炎、肺炎和鼻窦炎，会增加成年后慢性呼吸道疾病的发病率，导致永久性肺部病变[7]。此外，儿童使用抗感染药物的频率比任何其他药物都要高[8]。过去几十年来抗感染药物过度使用导致耐药菌株数量增加，严重影响公众健康[9]。因此，准确识别呼吸道感染病原体及耐药并进行针对性治疗至关重要。
近日，国内研究者评估了靶向测序技术 (targeted next generation sequencing, tNGS) （Respiratory Pathogen ID/AMR Panel, RPIP）在儿童呼吸道病原体及耐药基因(ARG)检测中的表现[10]。
该研究使用传统培养和抗菌药物敏感性检测 (AST) 作为金标准，在 47 份儿童支气管肺泡灌洗液 (BALF) 样本中进行检测。
在病原菌检测方面，RPIP在检测包括肺炎支原体在内的难以培养的病原体方面表现出优势(图1)。与培养结果相比，RPIP的敏感性和特异性分别为84.4%（置信区间70.5-93.5%）和97.7%（置信区间95.9-98.8%）。此外，RPIP结果显示，47份BALF标本中，有10份检测出单一感染，34份检测出多重感染，其中细菌/病毒双重感染数量最多。
图1. 培养和RPIP检测出的病原体种类及频次
此外，该研究还分析了含有肺炎链球菌的标本的耐药基因。47 份标本中，有 25 份检测到了肺炎链球菌。通过 RPIP 在 25 名患者中的 19 名中鉴定出总共 58 种与四环素、大环内酯-林可酰胺-链阳霉素、β-内酰胺、磺胺和氨基糖苷类相关的 ARG。以AST结果为标准，红霉素、四环素、青霉素和磺胺类药物的符合率分别为89.5%、79.0%、36.8%和42.1%。
这些结果证明了RPIP在病原菌检测，特别是对多种和难以培养的病原菌检测以及预测红霉素和四环素耐药性方面的优越性，对于病原菌感染的准确诊断和指导临床治疗具有重要意义。
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