晶诺生物针对 NTM 菌种鉴定已经建立完善的实验和数据分析平台。NTM 分析服务从基因组提取开始，针对分枝杆菌的基因组特征，建立了针对性、标准化的基因组提取和质控评估平台；基于 Illumina 测序平台获得高通量测序数据，对测序结果进行拼接获得基因组草图，通过与 NTM 参考基因组进行 Pairwise 基因组核酸相似度（gANI）分析。数据分析中以 95% 的相似度为阈值进行分枝杆菌物种判定，同时可根据相似度矩阵构建系统发育树，分析种间及种内群体多样性。
 

一、质控平台

为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性，对样品提取、DNA 检测、建库、测序每一个生产步骤都严格把控，从源头上确保了高质量数据的产出。
 

1、DNA 提取：

基因组提取我们采用改良版的 CTAB 法，由经验丰富的专业人员处理，以保证 DNA 的高质量。
 

2、建库前质控：

使用 Qubit 荧光光度计、琼脂糖凝胶电泳或 Agilent 5400 对 DNA 的纯度、完整性及浓度进行精确检测，样本合格后建库。
 

3、文库及测序数据质控：
文库构建完成后，先使用 Qubit 2.0 进行初步定量，稀释文库，随后使用 Agilent 2100 对文库的插入片段进行检测，插入片段大小符合预期后，使用 Q-PCR 方法对文库的有效浓度进行准确定量分析，多个环节并重以保证文库质量。文库检测合格后，按照有效浓度及目标下机数据量的需求将不同文库 pooling 至 flowcell，cBOT 成簇后使用 Illumina 高通量测序平台 NovaSeq 6000 进行测序，原始数据量产出 1 G 以上。

 

二、NTM 分析内容

1、非结核分枝杆菌物种鉴定（流程如下）

低质量序列过滤、接头（adapter）序列去除
↓
基因组拼接
↓
菌株鉴定（以95%的相似度为阈值进行分枝杆菌物种判定）

 

物种鉴定结果示例：

 

以95%的相似度为阈值进行分枝杆菌物种判定，同时也可分析出相应的亚种。
 

2、系统进化树

NTM 样本系统进化树示例：


 

根据相似度矩阵构建系统发育树，分析种间及种内群体多样性。
 

NTM 常规分析结果交付内容：测序原始数据、拼接数据、NTM 鉴定结果（excel)、系统进化树。

 

3、高级分析*

（1）分枝杆菌毒力基因分析：通过同源性比对分析分枝杆菌毒力相关基因在测序菌株中的情况，并进行聚类分析。
 

（2）细胞壁重要脂质成分合成基因簇分析：细胞壁脂质是分枝杆菌致病性的重要因子，根据相关合成基因的分布情况，评估测序菌株细胞壁脂质情况。
 

除以上分析，我们还可以提供对菌种鉴定后的突变信息分析，可分析出对比参考基因组的基因突变情况，导出基因突变信息（SNP、插入缺失小片段）。

* 基础分析不包含高级分析

 

欢迎感兴趣的老师前来咨询哦！